Ulkusne i neulkusne bolezni prebavnega trakta (dispepsija) prizadevajo milijune ljudi po vsem svetu. Eden od primarnih uzrokov je infekcija z bakterijo Helicobacter pylori, ki je prisotna v skoraj da 75% teh bolezni. Drugi glavni uzrok je uporaba nesteroidnih antireumatikov (NSAIL), uključno z aspirinom. Ta zdravila preprečujejo aktivnost ciklooksigenaze (COX), encima ki je odgovoren za vzdrževanje integriteta sluznice u zgornjih predel prebavnega trakta in za podporo pretoka krvi do želodca. Kljub uporabi bolj modernih NSAIL, ki večinoma delujejona drugo obliko ciklooksigenaze (inhibitorji COX-2), a vodijo do poškodbe na hrustancima zglobov, so tudi nevarni, ampak manj za prebavni trakt.
Zgodovinsko gledano, še leta 1936., karnozin se je uporabljal za zdravljenje in prevencijo želočnega čirja. Nedavne študije pokazale so da karnozin bistveno preprečuje formiranje erozij i ulceracij v želocu in dvanajsterniku. Karnozin prispeva temu da čir bolj zarašča skozi številne različne mehanizme, uključno z inhibicijo Helicobacter pylori, pospešuje zaraščanje ran, regulacijo inflamatornih citokina, in z antioksidativnimi učinki ter stimulacijo gastrične sekrecije. Lahko se uporablja kot naravna mono-terapija, ki je alternativa konvencionalnim farmaceutskim izdelkom kot so inhibitorji protonske pumpe, antagonista H2 receptorja ali antibiotikov. Prav tako se lahko uporablja kot dodatna terapija v kombinaciji z konvencionalni zdravili za čir. Poleg tega, pacijenti lahko varno jemljejo Karnozin Extra z NSAIL, kot način za preprečevanje negativnih učinov teh zdravil na želočno sluznico.